Au travail, j'ai une Matrox G550 avec double sortie vidéo. Étant passé de stable à unstable[1], j'ai cassé ma configuration "double écran avec un seul grand bureau (one big desktop)". Étant donné que sur Internet on trouve des exemples de configuration assez différents, voici, pour mémoire, les éléments principaux de mon xorg.conf :

Section "Device"
    Identifier "MGA 0"
    Driver "mga"
    Screen 0
EndSection

Section "Device"
    Identifier "MGA 1"
    Driver "mga"
    Screen 1
EndSection

Section "Monitor"
    Identifier "Monitor 0"
    ...
EndSection

Section "Monitor"
    Identifier "Monitor 1"
    ...
EndSection

Section Screen
    Identifier "Screen 0"
    Device "MGA 0"
    Monitor "Monitor 0"
    ...
EndSection

Section Screen
    Identifier "Screen 1"
    Device "MGA 1"
    Monitor "Monitor 1"
    ...
EndSection

Section "ServerLayout"
    Identifier "Default Layout"
    Screen "Screen 0"
    Screen "Screen 1" RightOf "Screen 0"
    ...
EndSection

Avec tout cela, vous obtenez deux bureaux indépendants un sur chaque écran, il suffit alors d'ajouter

Section "ServerFlags"
     Option "Xinerama"   "true"
EndSection

pour avoir un seul grand bureau !

Notes

[1] principalement pour avoir les paquets Xen 3 officiels